Перейти к содержимому

Фотография

Внутриклеточная локализация белков

  • Авторизуйтесь для ответа в теме
В этой теме нет ответов

#1
Julia

Julia

    Завлаб

  • Резидент
  • PipPipPip
  • 128 сообщений
LOCATE
курируемая база данных, содержащая информацию о мембранной организации и внутриклеточной локализации белков мыши и человека. Содержит информацию, полученную как экспериментальным путем, так и из публикаций.
 
AMPDB -  Arabidopsis Mitochondrial Protein Database
база данных посвященная митохондриальному протеому растения Arabidópsis. Heazlewood JL, Tonti-Filippini JS, Gout A, Day DA, Whelan J and Millar AH (2004) Experimental analysis of the Arabidopsis mitochondrial proteome highlights signalling and regulatory components, provides assessment of targeting prediction programs and points to plant specific mitochondrial proteins. Plant Cell 16: 241-256 http://www.ncbi.nlm....2?dopt=Abstract
 
eSLDB - Eukaryotic Subcellular Localization DataBase
база данных внутриклеточной локализации белков эукариотических организмов (Homo sapiens, Mus musculus, Caenorhabditis elegans, Saccharomyces cerevisiae and Arabidopsis thaliana). Включая экспериментально определенную информацию, заключения на основании гомологии и предсказания. Pierleoni, Andea, et al. "eSLDB: eukaryotic subcellular localization database." Nucleic acids research 35.suppl 1 (2007): D208-D212. http://nar.oxfordjou...1/D208.abstract
 
Compartmentalized Protein-Protein Interaction Database (ComPPI)
база данных белок-белковых взаимодействий, предоставляющая информацию о взаимодействии белков, в связи с их расположением и ссылками на внешние базы.
 
 LocDB
внутриклеточная локализация белков геномов Homo sapiens и Arabidopsis thaliana. Rastogi, Shruti, and Burkhard Rost. "LocDB: experimental annotations of localization for Homo sapiens and Arabidopsis thaliana." Nucleic acids research 39.suppl 1 (2011): D230-D234. http://www.ncbi.nlm....h&term=21071420
 
предсказание внутриклеточной локализация белков для различных организмов (эукариот, бактерий и архей). Goldberg, Tatyana, et al. "LocTree3 prediction of localization." Nucleic acids research (2014): gku396. http://www.ncbi.nlm....pubmed/24848019
 
SUBA3 - SUBcellular localisation database for Arabidopsis proteins
локализация белков генома Arabidopsis. Hooper, Cornelia M., et al. "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome." Bioinformatics30.23 (2014): 3356-3364. http://www.ncbi.nlm....pubmed/25150248
 
crop Proteins with Annotated Locations - http://croppal.org/ 
 
UniProt / Subcellular locations
указывает на внутриклеточную локализацию исследуемого белка с использованием специального словаря
 
LocSigDB
курируемая вручную база данных локализации сигналов (белков) внутри клетки (в основном эукариот).
 
ngLOC
метод определения внутриклеточного расположения белка (по аминокислотной последовательности) на основании Байесовского классификатора в геномах прокариот и эукариот. 
King BR, Guda C. ngLOC: an n-gram-based Bayesian method for estimating the subcellular proteomes of eukaryotes. Genome biology. 2007;8(5):R68.



Количество пользователей, читающих эту тему: 0

0 пользователей, 0 гостей, 0 анонимных